我们使用NCBI数据库查找基因启动子序列，一般认为启动子位于基因转录起始位点上游2000bp的范围，这里以人源的CD274为例，查询操作如下：

1、进入NCBI网站 

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

2、在检索栏中输入目标基因的名称（输入CD274），点击检索

3、找到目标基因，点击“CD274”,物种一定要看清（human）

4、找到Genomic regions,transcripts,and products，注意转录方向。该基因的方向是从左往右（正向），则左侧为起始位置。

基因转录方向是正向还是反向，这一点与启动子序列的查询正确与否直接相关。

5、然后点击进入“FASTA”，即可按照下面的方法计算查找启动子序列信息：

正向：from=起始位点数值（较小的数值）-2000；to=起始位点数值（较小的数值）-1；

反向：from=起始位点数值（较大的数值）+1；to：起始位点数值（较大的数值）+2000；

一般选取基因起始位置2000bp为启动子区，因该基因从左到右开始转录，所以应更改为：5448542—5450541，点击update view即可。

3、勾选转录因子，点击scan，把前面查询到的启动子序列的fasta格式复制进去，再点击右下角的“Scan”即可获取预测结果。注意格式：序列前面需带“>”。

4、结合位点信息按分数从上往下排列，根据这些预测位点，挑选得分高的进行实验验证。评分越高，转录因子与预测位点结合可能性越大，结果中的“-”表示反向互补序列，需要先把反向互补的序列写出来，再与靶序列比对匹配。