技术服务

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蛋白组

技术简介
蛋白组学(Proteomics)是研究生物体内所有蛋白质(即“蛋白质组”)的组成、结构、功能、相互作用及其动态变化的学科。它关注在特定时间、特定环境或特定生理状态下,蛋白质的表达水平、翻译后修饰、定位、活性以及与其他分子的相互作用,以揭示生命活动的分子机制。(与基因组学不同,蛋白质组具有动态性和时空特异性,受基因表达调控、环境因素和翻译后修饰等影响。)

TMT

TMT(Tandem Mass Tag)技术是一种多肽体外标记技术。该技术采用了同位素标签,通过与肽段特异氨基酸位点相连实现不同来源的肽段标记,然后进行串联质谱分析,监测碎裂下来的标签实现肽段定量。一次实验可灵活比较最多16种不同样本中蛋白质的相对含量;

iTRAQ

iTRAQ(isobaric tags for relative and absolute quantitation)与TMT原理相似,都是采用不同标签对不同来源的蛋白进行标记并利用质谱检测的标签强度对含量进行相对定量。不同的是标签的类型及数量。iTRAQ最多只有10标,采用iTRAQ策略的蛋白质组学研究,一次最多只能上机10个样本,通量相对受限。

iTRAQ试剂在标记肽段样本后,不同同位素标记的同一多肽在第一级质谱检测中分子量都完全相同。而在串联质谱(MSMS)中,同种元素标记肽段的报告基团、平衡基团和肽反应基团之间的连接键断裂,平衡基团中性丢失,同时不同同位素标签的同一肽段产生不同的质荷比(114-117)的峰。因此,根据波峰的高度和面积,可获得样品间相同肽段的定量信息,再经过软件处理得到肽段和蛋白质的定量信息。

Label-free

Label-free采用非标签标记定量策略;1 通过比较质谱分析次数或质谱峰强度,分析不同来源样品蛋白的数量变化,该方法认为肽段在质谱中被捕获检测的频率与其在混合物中的丰度成正相关;2 因此,蛋白质被质谱检测的计数反映了蛋白质的丰度,通过适当的数学公式可以将质谱检测计数与蛋白质的量联系起来,从而对蛋白质进行定量;3 不使用任何标记方法,直接对肽段进行质谱鉴定和定性定量分析。实验流程简单,只需要对蛋白进行常规酶解和除盐步骤即可上机;4 不过,由于质谱采集时只选取母离子进行二级碎裂和MS2检测,所以会丢失一些丰度较低的肽段信息,缺失值比较多;

DIA

1 DIA数据非依赖采集模式是DDA模式的延伸和发展;2 DIA主要通过传统的数据依赖采集模式(Data-dependentAcquisition,DDA)进行一级质谱和碎片信息的交替采集,不需要对母离子进行筛选;3 通过液质联用技术(LC-MS/MS)对每个窗口中的所有离子进行快速、循环选择和检测,从而无遗漏、无差异地获得样本中所有离子的全部碎片信息;4 将得到的数据利用分析软件,进行蛋白组学的鉴定、定量及差异蛋白分析等; 5 可以获得样本中所有离子的全部碎片信息,提高了数据利用度,缺失值更少,分析重复性更高,更适合于大样本和复杂样本的分析检测;

 

实验流程