双荧光素酶数据库预测验证
miRNA是在真核生物中发现的一类内源性的具有调控功能的非编码RNA,其大小长约19~25个核苷酸单链小分子RNA,经典的功能包括:
(1)翻译抑制:miRNA与靶mRNA通过6-7个碱基互补结合,可导致miRNA在蛋白质翻译水平上抑制靶基因表达。
(2)mRNA的降解:miRNA也有可能影响mRNA的稳定性。如果miRNA与靶位点完全互补(或者几乎完全互补),那么这些miRNA的结合往往会引起靶mRNA的降解。每个miRNA可以有多个靶基因,而几个miRNAs也可以调节同一个基因。
举例:PAK2和hsa-miR-455-3p
查找miRNA序列
NCBI-gene-mirbase库-找到成熟体-get sequence---找到seed区、7mer-A1、7mer-M8、8mer
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
把对应的成熟体序列的seed区、7mer-A1、7mer-M8、8mer,找到
确认3’UTR
确认目的基因的3’UTR区(若有多个转录本且3’UTRz不一致,要确认使用哪一个转录本)
选择转录本把对应的3’UTR区复制到word
数据预测
预测miRNA和编码基因是否结合
http://www.targetscan.org/vert_80/
出现一个保守结合位点和非保守结合位点(建议两个都要做全碱基突变)
结合位点的分值评估解读:
1.Predicted consequential pairing of target region (top) and miRNA (bottom):白色部分表示靶向区域与miRNA的结合位点;
2.Context++ score:绝对值越大,置信度越高;
3.Context++ score percentile:数值越靠近100,置信度越高;
4.Weighted context++ score:各转录本3’UTR加权分值,数值越小,置信度越高;
5.Conserved branch length:每个结合位点在物种之间的系统发育分支长度的总和,与位点类型有关;
6.PCT:物种间进化评分值,数值越接近1,保守性越广。
类器官血管生成试剂盒